Theo đề nghị của Tổng Thư ký Ban Ki-moon, áp dụng theo Chương VII, Hiến chương Liên Hiệp Quốc, Liên Hiệp Quốc đã ra Nghị quyết 1996 thành lập Phái bộ gìn giữ hòa bình Liên Hiệp Quốc tại Nam Sudan (UNMISS) vào ngày 8 tháng 7 năm 2011. Với giai đoạn đầu sẽ hoạt động trong một năm, kể từ 9 tháng 7 năm 2011 và sẽ gia hạn thêm thời gian nếu thực tế yêu cầu. Đồng thời, cùng ngày 8 tháng 7 đã kết thúc nhiệm vụ của Phái bộ gìn giữ hòa bình Liên Hiệp Quốc tại Sudan (UNMIS). Với mục tiêu là củng cố hòa bình và an ninh, giúp thiết lập các điều kiện cho sự phát triển trong Cộng hòa Nam Sudan nhằm tăng cường năng lực của Chính phủ Nam Sudan để quản lý một cách hiệu quả và dân chủ. Thiết lập mối quan hệ tốt với các nước láng giềng Nam Sudan.

Ngày 9 tháng 7 năm 2011, Nam Sudan trở thành quốc gia mới trên thế giới. Sự ra đời của Nam Sudan là kết quả của một tiến trình hòa bình 6 năm với sự bắt đầu bằng việc ký kết Hiệp định hòa bình toàn diện (CPA) vào tháng 9 năm 2005 giữa Chính phủ Sudan với Phong trào giải phóng nhân dân Sudan (SPLM), kết thúc hơn 20 năm của cuộc Nội chiến Sudan lần thứ hai.

UNMIS hỗ trợ việc thực hiện Hiệp định hòa bình toàn diện (CPA) trong thời gian thiết lập bởi Chính phủ Sudan và SPLM khi CPA được ký kết. CPA cũng kêu gọi trưng cầu dân ý độc lập miền Nam Sudan. Nó được tổ chức đúng tiến độ vào tháng 1 năm 2011. Với tỉ lệ ủng hộ áp đảo của 98,83% trong tổng số người tham gia bỏ phiếu. Tổng Thư ký Ban Ki-moon đã hoan nghênh kết quả này đã phản ảnh ý chí của người dân Nam Sudan.

Sau khi kết thúc giai đoạn tạm thời này, tiến trình đảm bảo sự độc lập cho Nam Sudan được tiếp nối vào tháng 7 năm 2011, Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc ra Nghị quyết 1996 vào ngày 8 tháng 7 năm 2016.

Bạo lực nổ ra

Vào ngày 15 tháng 12 năm 2013, bạo lực nổ ra tại Juba, thủ đô của Nam Sudan và nhanh chóng lan rộng đến các dịa điểm khác trong nước và dẫn đến cuộc khủng hoảng chính trị và an ninh sâu rộng trong toàn quốc. bảy trong mười bang bị ảnh hưởng từ cuộc xung độ và bốn bang Trung Equatoria, Jonglei, Unity, Thượng Nin bị ảnh hưởng nặng nhất.

Một vài ngày sau cuộc khủng hoảng, mối quan hệ giữa chính phủ Nam Sudan với UNMISS ngày càng căng thẳng, trong bối cảnh vai trò của Liên Hiệp Quốc tại Nam Sudan bị nhận thức sai. Với các cáo buộc UNMISS không công bằng và sứ mệnh của UNMISS không phải là giúp đỡ Chính phủ Nam Sudan mà là trợ giúp và tiếp tay cho lực lượng chống Chính phủ Nam Sudan. Những tuyên bố thù địch với UNMISS được những quan chức cấp cao trong Chính phủ Nam Sudan phát biểu công khai. Khả năng tự do hoạt động của UNMISS càng bị thu hẹp. Các cuộc biểu tình phải đối Liên Hiệp Quốc diễn ra ở một số thủ phủ của bang như: Rumbek (Lakes) và Aweil (Bắc Bahr el Ghazal).

Từ tháng 12 năm 2013 đến tháng 2 năm 2014 tại Nam Sudan cũng đã có các nỗ lực ngoại giao của Cơ quan phát triển liên chính phủ Đông Phi (IGAD) dẫn đến giải pháp thương lượng cho cuộc khủng hoảng. Cuộc khủng hoảng có hệ quả tiêu cực rộng lớn cho tình hình nhân quyền ở nhiều nơi tại Nam Sudan, đặc biệt là tại khu vực cuộc đối đầu quân sự lớn nhất (Juba, Jonglei, Thượng Nin, Unity.

UNMISS ước tỉnh rằng hàng ngàn người đã bị giết trong cuộc khủng hoảng. Cả hai bên trong cuộc xung đột phải chịu trách nhiệm về việc tấn công vào thường dân và họ đã không tuân thủ luật pháp quốc tế về nhân đạo và nhân quyền. Tình hình nhân đạo cũng bị suy thoái mạnh. Trong vòng bốn tuần đầu tiên của cuộc khủng hoảng, gần 500.000 người đã phải di tản khắp Nam Sudan và 74.300 người đã vượt biên sang các nước láng giềng. Đến cuối tháng 2 năm 2014 tăng lên 900.000 người và 167.000 người vượt biên sang các nước láng giềng. Số thường dân bị ảnh hưởng nghiêm trọng về thiếu lương thực đã tăng từ 1.100.000-3.200.000. Ngoài ra, cũng có khoảng 500.000 người di tản cần viện trợ lương thực. Sự tồn tại của Nam Sudan bị nghi vấn.

UNMISS tăng cường lực lượng

Khi cuộc chiến nổ ra ở Juba và lan ra khắp Thượng Nin, hàng chục ngàn thường dân di tản khỏi khu vực có xảy ra các vụ giết người quy mô lớn, kể cả đã thoái khỏi khu vực bị tấn công và đã vào trại tị nạn của UNMISS ở Juba, Bor, Bentiu, Akobo, Melut và Malakal tìm nơi ẩn náu. UNMISS triển khai các trại tị nạn, phối hợp với các đối tác nhân đạo, nhanh chóng triển khai những trại này để bảo vệ thường dân. Không lâu sau đó, có đến 85.000 thường dân đã được bảo vệ trong 8 trại tị nạn của UNMISS trên khắp Nam Sudan. UNMISS đã phải nỗ lực rất nhiều để đảm bảo an ninh cho các trại tị nạn này và cả trụ sở của họ khỏi các cuộc tấn công.

Để cung cấp cho UNMISS đủ năng lực đối phó với cuộc khủng hoảng, Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc đã ra Nghị quyết 2132 vào ngày 24 tháng 12 năm 2013, chấp thuận đề nghị của Tổng Thư ký Ban Ki-moon về tăng lực lượng quân sự và cảnh sát cho UNMISS một cách tạm thời và theo dõi tình hình, sẽ tăng cường thêm nếu cần thiết. UNMISS vừa đảm trách xây dựng hòa bình, hỗ trợ bộ máy quản lý nhà nước nhằm thắt chặt mối quan hệ giữa UNMISS với Chính phủ Nam Sudan, vừa phối hợp với các bên liên quan xác định lại trách nhiệm và mục tiêu trong khu vực ảnh hưởng xung đột.

Ngày 27 tháng 5 năm 2014, Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc ra Nghị quyết 2155 thông qua nhiệm vụ của UNMISS là hướng tới việc bảo vệ thường dân, giám sát nhân quyền và hỗ trợ cho việc cung cấp viện trợ nhân đạo, và tăng cường sức mạnh quân sự.